VFC bắt đầu cổ phần hóa bộ phận nông dược nhằm tạo ra một cơ chế hoạt động hiệu quả và phù hợp với mức độ phát triển của nông nghiệp Việt Nam. Đến cuối năm 2001, VFC hoàn tất việc cổ phần hóa toàn bộ công ty, trở thành công ty cổ phần đầu tiên về lãnh vực khử trùng và nông dược.